在兩岸關係方面，胡教授生前最擔心的是對於政治人物因為認同錯亂，或政治計算，刻意製造台灣兩千三百萬人與對岸十四億人之間的疏離、敵意與對立，他認為：這樣的操作手法，既不負責任，也極不道德。
「佛門弟子」
胡佛反對台獨，1980年代中期，他更邀集同道，組織「中流文教基金會」，劍及履及，的推動兩岸學者的交流與合作，但他從來不干預他人或學生的政治信仰，也不認為參加民進黨就必然會主張台獨。
他在學術研究方面的堅持是「科學研究方法」。從1980年代，他便帶領研究生，在台灣開始從事政治文化、政治態度、以及政治參與的實徵研究。那時候，我在台大心理系開設「多項變數分析」統計課程，他特別要求他指導的研究生游盈隆和陳明通前來選修。1997年，他在幾位研究生的協助下，將自己在這方面的研究和著述，整理成《政治學科學研究》立本專書出版，從〈方法與理論〉，談到〈憲政結構與政府體制〉。
他認為：大學必須在自由與自主的環境中，才能充分實踐學術上的尊重理性與開放，因此，他旗幟鮮明的主張：「在台大校園中，不接受任何不容批評與詰難的學說與意識形態，也不允許任何政治勢力滲入校園，干涉我們自主的學統。我們的學統只有學術權威而無政治霸權」。他所帶領的研究生也因而自稱「佛門弟子」。
「統一是必要之善」
很多人覺得奇怪：像胡佛這樣的自由主義大師，為什麼會主張國家主義？2013，他以〈國家統一是必要之善〉為題，接受《觀察》月刊的專訪。他很清楚地表明：
國家層次的自由，是指一個國家不能受到他國的控制與干涉；否則這個國家就不能自主、不得自由。真正的自由主義者除了重視政府與個人之間的個人「小我」自由，更應重視國家的「大我」自由，因為如果國家遇到內亂、外患，不能凝聚、自主，就失去了自主運作的自由，必無法保障國民的個人自由及社會的安寧。如此看來，國家的自由可稱為「大自由」，是大我透過國家這個政治團體行駛的集體自由；人民的個人自由則是「小自由」，只是針對國家統治機構的政府而言的，要求政府權力不要限縮個人自由。從政治體系看，「大自由」與「小自由」不在同一層次，「小自由」必須有「大自由」保障，兩者並不互斥。
記者進一步問他：「為什麼台灣會有這麼嚴重的國家認同問題？」他很精闢的分析： （相關報導： 陳文茜專文：解決兩岸危機惟一一人，悼念我最尊敬的台灣知識份子朱雲漢 ｜ 更多文章 ）
過去日本人先有計畫地用皇民化教育來抹去認同中國的道德感情。日本人走後，兩蔣又基於國共內戰之需，一方面為醜化中共而連帶傷及對整體中國的感情，一方面又不惜引入外力(從整體中國立場來看)，出讓了局部的大自由(國家主權)給美國。現在，則美、日還想繼續控制台灣，將其歷史觀、價值觀灌輸給台灣，並藉台灣干涉中國內政。台灣唯美國人馬首是瞻，有形無形都受控於美國，等於是變相的殖民地，根本沒什麼大自由；而在民粹炒作之下小自由又如此混亂。
穩定政權的治理能力
從2001年起，他帶領「佛門弟子」，開始從事「亞洲民主動態調查」，朱雲漢教授是這項研究計畫的主持人，也是他最重要的得力助手。2007牟之後，這個研究擴展到東亞14個國家與地區，探討公民政治和行為的變遷。五四時期，中國知識分子普遍認為：「民主」是可以救中國的兩尊洋菩薩之一，但是長期實徵研究的結果卻一再顯示：中國大陸民眾對其政治體制的滿意度和支持度都相當高。這個穩定的現象迫使他們必須深入探究其中緣由。
