台大校長聘任爭議持續延燒，新任教育部吳茂昆走馬上任時，也被爆出在任職於國科會時違法赴中兼職，同樣引議，而科技部日前已發布新聞稿澄清並無違法情事，不過，陸委會主委辦公室前主任施威全今（3）天向監察院提出證據並檢舉指出，吳茂昆確實涉嫌違法赴中，並要求監察院應約訪此案相關證人，包括時任中研院副院長曾志朗、劉兆漢院士、周昌弘院士、吳妍華院士及彭旭明院士，以釐清真相。
新聞稿只提部分事實？施威全：科技部遮掩事實成幫兇
吳茂昆剛上任教育部長時，也被爆出於2004至2006年間任職國科會主委時，違法前往中國。對此，科技部發布聲明指出，吳茂昆於其任職期間，「僅於2005年10月間赴中國大陸1次，係參加國際科學理事會(ICSU)第28屆大會，並符合《臺灣地區與大陸地區人民關係條例等相關規定》。」
不過施威全則說，實情是吳茂昆該次登陸行程，除了參加「國際科學理事會」大會，還未經申請前往別處，參加由浙江大學與香港科大主辦的「高新技術高峰論壇」，並以「臺灣科學與技術發展」為題演講。
施威全表示，根據當時的《台灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法》，中央政府政務官，除非參加國際組織舉辦的國際會議或活動，否則不能以講學、訪問、觀摩、演講、會議等名義前往中國。施威全指出，吳茂昆明顯已經違法，而科技部針對吳茂昆案，卻遮掩事實、充任幫兇
施威全表示，監察院應該約訪當時一同出席國際科學理事會大會的相關證人，包括時任中研院副院長曾志朗、劉兆漢院士、周昌弘院士、吳妍華院士及彭旭明院士等人。此外，也應針對科技部只提出部分事實的新聞稿，一併查處。
