教育部27日駁回台大遴選委員會決定，不聘任管中閔為校長。而剛上任一周的教育部長吳茂昆今（30）日也親上火線接受訪問，表示教育部沒有干預大學自主，而是基於捍衛大學自治，將全案回到台大遴委會。吳茂昆說，若遴委會拒絕重啟遴選，台大校長應該召開正式校務會議解決。
吳茂昆今天說，大學校長遴選不像選舉，不是像中央選舉委員會那樣，選出來就要通過，遴選是要經過資格審查，並找出最合適領導大學的人。
吳茂昆也指出，大學校務會議是一所大學的最高權力機構，因此主席不該是校長，就有如行政院長不能是立法院長一樣。他認為，大學校長是執行者，校務會議是監督機關，校長本來就不該是校務會議的主席。
指回到大學自治基本精神
吳茂昆說，大學最重要的是「學生」，而保護學生的受教權是教授的責任。他說，教育部的責任是代表全民監督大學的運作，《大學法》也明定，國立大學遴選出校長後「由教育部聘任之」，所以教育部在任用之前，才須檢視是否合法或是否適合。
吳茂昆直指管中閔當選校長有「適法性」的問題，教育部請台大根據這些資訊去檢視，並說這是遴委會該做的事。而遴委會受台大校務會議委託，現在遴委會若拒絕重啟遴選，就要由校務會議做決定。吳茂昆表示，那麼台大校長應該召開正式校務會議討論此事的後續，才是回到大學自治的基本精神。
吳茂昆也強調，管中閔日前應揭露兼職台灣大獨董及與遴選委員蔡明興的利害關係，卻未揭露，教育部給台大重新審查的工作，遴委會完全未符合自訂辦法，新事證出來之後未回到校務會議，「學術誠信不足，自己訂的辦法都不遵守。」
