公平會近年來對於其認為違法的行為積極進行調查，裁罰金額也屢創新高，去年認定美商Qualcomm（高通公司）涉及違反公平交易法第9條的案件中（即所謂以不公平的方法，直接或間接阻礙其他業者參與競爭），裁罰金額甚至創下新台幣234億元的歷史紀錄。關於個案處分之合法與否，當然應交由司法機關為最終裁決。但在制度上值得注意的是，公平交易法於2015年修法時，特別於第48條增訂「免除訴願程序條款」，亦即未來對於公平會依公平交易法作成之處分，人民不必、亦不得向行政院提起訴願，而是應直接適用行政訴訟程序，向行政法院起訴。
本次修法不讓人民行使憲法第16條的訴願權，理由之一是因為立法者認為在釋字613號解釋（有關NCC組織法相關規定是否違憲）的理由第2段，已經說明：「承認獨立機關之存在，其主要目的僅在法律規定範圍內，排除上級機關在層級式行政體制下所為對具體個案決定之指揮與監督」。因此，若獨立機關之行政處分或決定仍受到訴願法規定，由行政院管轄，恐有違釋字613號解釋意旨與剝奪公平會作為獨立機關地位之嫌。
由行政院訴願審議委員會審查公平會的處分，是否會必然減損公平會的獨立性，恐怕並非當然如此。就此，修法理由中特別提到，根據統計顯示，在89年7月至101年12月間，行政院訴願委員會的訴願決定中，「撤銷原處分」的比例為4.1％，比例雖然不高，但仍然對於獨立機關造成一定程度之行政干預。光是這一點理由，即令人難以理解，姑且先不論修法理由也認為4.1％的比例並不高，況且即使是4.1％，其中必然存在部分案件，確實是因為公平會的處分違法而遭訴願決定撤銷。至於所謂的「行政干預」，雖然沒有進一步的統計數字，但無論是一般行政機關或獨立行政機關，都不應允許此種現象發生（如陳新民大法官於釋字682號解釋不同意見書中指出，國家通訊傳播委員會雖然是獨立機構，仍然必須與一般行政機關一樣，負有遵守依法行政及不得濫用裁量權限之義務），因此如果真的有所謂「行政干預」，應該是國家有「義務」，無論是透過刑事追訴或行政制裁，主動詳查並予以究責，豈能只是因為有行政權力的人對於個案做了錯誤的、違法的行政干預，就因此不當聯結，甚至不惜違反比例原則，剝奪根本無力從事「行政干預」的人民之訴願權？
如果先撇開本屬違法的「行政干預」不談，行政機關的訴願審議委員會，本即具有相當程度的獨立性。事實上，訴願審議委員會的制度，本來即係朝獨立行使職權的機制規劃，也正因如此，訴願法第52條乃明定，訴願審議委員會中的「社會公正人士、學者、專家人數不得少於二分之一」，目的即是為了確保訴願決定的公正及公平性（84年的訴願法第26條原規定，外部委員的比例為三分之一；87年修法時則更進一步將比例提高為二分之一）。因此，訴願審議委員會於審查案件時，本應為客觀獨立之判斷，此與獨立機關行使職權，本質上並無扞格。
