為了當年高雄市長陳菊初次參選時，駐日代表謝長廷是否曾在初選民調送到中執會時仍反對，新系和謝激烈駁火，根據2006年5月24日中央社當時主跑民進黨中央記者黃瑞弘的報導，謝確實曾表達異議，也要求保留中執會發言權，但針對的是民調協調、重新登記初選等程序性的建議，並非初選民調結果。
根據該報導，謝有意見的場景，也非在中執會，而是報導當天的中常會，及常會前的輔選策略小組會議。
七人輔選策略會議，謝長廷認應三方民調
根據報導，當天常會前，民進黨中央在中常會之前召開七人輔選策略小組會議，小組成員除了謝，還包括時任行政院長蘇貞昌、時任總統府秘書長陳唐山、當時也擔任民進黨立院黨團總召集人的柯建銘、中常委蔡同榮、時任證交所董事長吳乃仁，和時任黨主席游錫堃。
根據報導，當時力拱高雄市代理市長葉菊蘭參選的謝長廷在會中堅持應進行三方民調決勝，依民調產生的候選人才有正當性，基層也才會有信心，否則就應依照兩位初選候選人陳菊和管碧玲的共識進行重新登記。柯建銘也認為事緩則圓。
報導也提到，游錫堃在那場會中也主張重新登記，但新潮流系大老吳乃仁表示反對，他解釋因為陳菊當初提出重登記是有前提的，而葉菊蘭並無意參與重新登記，由於前提已消失，陳菊已表示應如期初選。
中常會時黨主席游錫堃裁示照初選機制黨員投票
謝長廷則認為，重新登記一事不能說要就要，說不要就不要，何況管碧玲已跟進同意重新登記，此案應循程序由中執會、中常會決定其效力。
報導也提到，蘇貞昌、蔡同榮等當時都表態，認為此事應回歸制度。此案進入中常會持續討論，包括當時也擔任中常委的陳勝宏、鄭寶清等都主張維持制度，游錫堃最後裁示高雄市長提名按照原定初選機制5月日辦理黨員投票，投票之後再進行民調。
報導也提到，謝長廷最後曾提議，召開臨時中執會處理此案，但未獲同意，謝表示將保留中執會發言權，會後面對媒體詢問是否參選台北市長時並表示：「不必等我了」。
該報導也提到，當時有黨內人士說，其實與會者多數都認為，如果所有候選人都同意，民調協調是最好的方案，只是有人反對，無法勉強，但只要有參與溝通及協調的人，「都被子彈打到」。
