台灣醫療財團法人「控股化」問題嚴重，類似情況在公益信託一樣發生，今年媒體報導，宏達電董事長王雪紅捐助成立的3大公益信託，股票市值高達230億元，實際公益相關支出卻偏低，金管會因此在十月初公告「銀行相關業務公益信託許可及監督辦法第10條」修正條文，明訂公益信託必須於年度結束後3個月內，公告該年度信託事務處理報告書、收支計算表及資產負債表與信託財產目錄。這項規定被媒體形容為「王雪紅條款」。
公益信託分屬各部會管轄 監理相對鬆散
由於信託法主管機關為法務部，因此除了金管會對於金錢信託有較高的管制強度外，公益信託因為分屬各部會管轄，過去以來監理相對鬆散，公益信託目前透過受託機構所公告之年度收支餘絀表格，資訊都頗為「陽春」。
林堉璘公益基金 資產明細未揭露
以國泰世華擔任受託機構的「公益信託林堉璘宏泰教育文化公益基金」為例，該信託所公告訊息，僅去年除了捐助榮總「重粒子治癌中心」等經費3億元，去年度信託合計支出3.19億元，其他資產明細等，並沒有揭露。
「公益信託林堉璘宏泰教育文化公益基金」於2015年由林堉璘創辦人設立。以幫助有志學子、推廣教育為核心目標，同時以文化、慈善、醫療及其他社會公益為次要目的，捐助或贊助符合本公益信託目的之團體、財團法人、機構、活動或個人。
根據「公益信託林堉璘宏泰教育文化公益基金」網站，該基金會為了對長期對台灣社會長期貢獻人士給予肯定，特別設立「堉璘台灣奉獻獎」，將於今年12月遴選出一位得獎者，頒發獎金3,000萬元整。該獎項之評審委員組成，內部委員 1人，由公益信託諮詢委員會提名，外部委員 6-10人，由公益信託下轄的財團法人林堉璘宏泰教育基金會遴聘。
中國科技大學財稅系教授曾巨威表示，本次《所得稅法》修法，將第42條「教育文化公益慈善團體股利淨額，不計入所得額課稅」條文予以刪除，主要係配合「兩稅合一」制度取消的配套修法，只是因為修法過程，讓立委注意到過去財團法人股利所得免稅，所導致醫療財團法人「控股化」現象。
曾巨威：公益信託應維持「原則免稅、例外課稅」
曾巨威認為，公益信託到底要不要課稅，應該要回歸到其相關公益支出，到底符不符合當初信託成立時的公益目的，因此，公益信託應該跟財團法人一樣，從所得稅法角度，公益信託和教育文化慈善團體一樣，都應該維持「原則免稅、例外課稅」的精神。
長庚醫院變集團控股白手套 基金會由台塑王家在管
曾巨威表示，目前台灣社會對於企業負責人，將名下財產捐助成立公益信託，都予以高度肯定，但公益信託所提供的免稅待遇，實務上可能導致公益信託捐贈者濫用，公益信託的受託人如果從規避稅負角度出發，最後很可能會導致，信託表面上把錢捐出去脫離控制，但實質上人事、財務控制權，卻仍然掌握在集團身上，「就像台塑集團捐助成立長庚醫院，最後變成集團控股白手套，進入財團法人的股利都不必課稅，基金會卻都由台塑王家在管」。
曾巨威認為，政府應該從實際的捐贈行為，是否為「假公益，真避稅」角度進行了解，在公益信託成立後，相關主管機關應該確實了解，其相關支出是否真正用在公益信託創設目的相關的用途。
