為了提升台灣農業價值與國際競爭力，國發會將農業加值納入自由經濟示範區中，希望以農業研發、技術為基礎，發展高附加價值產業，促進農業轉型升級，提升國際競爭力；農業加值政策的重點產業是觀賞魚及周邊產品、動物疫苗、農漁畜產品加工，政府希望以研發、技術，使其成為高附加價值產業。
農委會主委陳保基受訪表示，過去台灣農業侷限於生產型農業，以銷售初級農產品為主要收入，沒有擴大其價值，年輕人不願投入農業，難以因應貿易自由化開放市場的衝擊；示範區內農業加值的策略思維是從生產型農業擴大為加值型農業，透過研發創新和跨域整合，提升台灣農業價值與國際競爭力。
陳保基:農產加值，不是農產加工
外界擔憂示範區內進口零關稅農產品加工會衝擊台灣農業，對此陳保基強調，農產加工不是主力，農業加值政策要做的是「農業技術產業化」，不是農產加工，也不是農產品加值；他說，現在農業技術高，台灣要發展很有潛力的產業，包括生物肥料、農藥、動物疫苗、觀賞魚等，進行跨域的整合。
陳保基以觀賞魚產業為例說，如果能把野生動物保育法修得和新加坡一樣，進口一些原本不准進口的到示範區內，那麼台灣很可能成為亞太地區觀賞水族動物的平台；這好比在荷蘭可買到全世界的花，但荷蘭的花卉只有40%自己生產，60%從全世界進口，進口的花不准流入國內市場，都在拍賣市場裡面處理掉。
他表示，現在到新加坡可以買到全世界的觀賞魚，「台灣絕對也有辦法做到」，過去台灣還沒有推廣蘭花產業前，新加坡的蘭花也很強，但是新加坡沒有技術，土壤栽培不及台灣，台灣的蘭花產業後來發展變成世界有名，新加坡的蘭花市場就被台灣取代，慢慢消失了。
示範區採「境內關外」、「前店後廠」方式運作
示範區營運模式，採「境內關外」、「前店後廠」方式。「境內關外」指的是在示範區內法令鬆綁，人才、資金、貨物流通便利；「前店後廠」則是在示範區內設營運中心的廠商，必要時可以委託區外工廠進行加工加值，經營契作農場，當然業者也可以「店廠合一」，在區內完成加工加值。
陳保基解釋，「境內關外」可以讓業者使用更具國際競爭力的原料，去攻佔國際市場。至於民間擔憂衝擊國內農業，他說，農委會將來會嚴格審核業者在自經區的投資計畫，如果評估後會衝擊本土農產品，農委會不會核准；他強調，農產品加工不在台灣做，業者一樣會在別的地方做，競爭一樣存在。
示範區內農業加值的利基包括貨物流通便利、外（陸）籍專業人士前3年薪資以半數課稅、台商投資示範區可享實質投資免所得稅的優惠。在貨物流通便利方面，區內可直接輸入管制性貨品，外銷產品的進口原料可免關稅；可申請輸入觀賞水族動物，並做商業用途。
