司改國是會議分組會議日前就金字塔型訴訟制度實施後的最高法院法官選任，作出重大決議，主張經2階段遴選出2倍人選後，由總統圈選。該提案引發外界對總統擴權、干預司法的質疑。據指出，司法院曾考慮總統圈選後需經國會行使同意權，但有法官認為，屆時法官承辦過的個案會被拿到國會討論，為避免困擾，因此決定僅用總統圈選的機制來增加終審法院法官的民主正當性。
司法院這項主張在24日的國是會議第2分組會議通過。總統府26日主動說明，總統府事先未獲徵詢。府方高層28日受訪指出，與我國同樣有憲法法院與最高法院制度的國家，為確保最高法院法官的民主正當性，除須總統提名，也須經國會同意，「不知道為何司法院的版本少了國會同意權的設計」。
有消息指出，司法院23日才將該版本寄給第2分組委員，隔天就通過，總統府在不知情下背黑鍋，總統府事後還去了解提案程序是否有問題。
並未突襲，司法院祕書長:最高法院法官選任案1月前就提出
不過，總統府及司法院高層對此都予以否認。根據會議錄影，最高法院院長鄭玉山的確說，23日才下午才收到資料，相較先前版本，法官員額由15至17人減少為14人，鄭雖說他支持司法院的選任制度，但也虧司法院常常「初一十五不一樣」；司法院秘書長呂太郎則說，23日提供的資料，只有法官員額減為14人，並放入相關法規，選任制度的改革沒有變，且大約1個月前就已提出。
現行最高法院法官選任制度，與外界連結太薄弱
在現行的最高法院法官選任制度下，表面雖是司法院長提名，由人事審議委員會（人審會）通過，但官員說，司法院長通常依最高法院建議的名單提名，而人審會24名委員皆法官，3名外部委員對人事案無投票權，這種「萬世一系」的選任讓最高法院法官的判決與見解「與社會脫節」，與外界的連結「太薄弱」。
司法院提案的選任方式分3階段，司法院長提出應任名額的3倍人選，交由組成成員包括立法委員、法官、檢察官、律師、學者及公正人士等在內的遴選委員會，選出應任名額的2倍人選，再由總統從中圈選出最後人選。
根據會議錄影，媒體工作者范立達等對司法院版提出質疑，范指出，司法院長是遴選委員會主席，再加上可提名的遴選委員人數，讓他的權力過大。
會中司法院長許宗力則主動說，司法院長可以不要擔任遴選委員會主席，雖然司法院長對全國法官的表現負政治責任，但他願意「自廢武功」。不過台大法律系教授林明昕指出，司法院長任命經國會同意，是司法系統唯一具有民主正當性的首長，不當遴選委員會主席很奇怪。呂太郎提出修正，讓法官、檢察官、律師的代表由各自領域票選產生，而非司法院長提名，獲得通過。
