從13日起立法院加開三周臨時會，其中《自由經濟示範區特別條例草案》已排入重點法案。從四月起包括官方、民間都舉辦多場說明會，在擴大討論之後，許多問題也像剝白菜一樣層層被剝開，問題與爭議之大，已經不是在臨時會依行政院版本裁裁剪剪就可以解決得了。為了回應這些民間的建議、也為了找到最符合台灣人民未來利益的做法，行政院應撤回草案，重新檢討修正後再送新的版本審查。
其中，關於自經區條例中的「農業加值」，16日多所大學的經濟系、農經系系主任及教授共同舉行記者會，針對條例內容一一提出修正建議，分述如下：
一、農產品進口零關稅，台灣有什麼條件做此「舉世無雙」的優惠？
條例草案第33條，「外國營利事業..從事貨物儲存或簡易加工…，其所得免徵營利事業所得稅」。第38條，「自國外輸入示範區內供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費」。
台大經濟系主任鄭秀玲表示，全世界有農業生產的國家，只有台灣採取這種完全開放且一次到位零關稅的做法。她舉例，韓國跟美國簽自由貿易協議，韓國擔心美國牛肉進口會衝擊本國牛肉，也是要求簽完自由貿易協定後15年才免關稅。
中興大學應用經濟系特聘教授陳吉仲表示，全球有名的食品廠都在農業生產大國，而台灣並不是，而且台灣的食品出口價格比較高，如果輸入產品再享有優惠關稅，那農委會所謂「自經區會做大食品加工」的餅，只會增加使用國外農產品原料、減少使用台灣農產品原料。「這不是農業加值，是傷害台灣農業的政策工具。」
但農委會主委陳保基的說法卻是，所謂「農業加值」是把餅做大，重點是發展農業技術產業，農民的收入雖然不會增加、但也不會受影響。
然而，這種零關稅的作法影響有多大，至今農委會除了一些宣示自由化的說法外，並沒有看到完整的評估報告。一個觀察點是，我國從2002年加入世界貿易組織(WTO)，許多敏感性農產品，包括紅豆、花生等都享有關稅配額的保護。而一旦自經區條例開放農產品進口零關稅，請問農委會，WTO的關稅配額機制是否就消失了，對台灣農業的影響又是什麼？
二、開放830項中國管制性農產品進口，台灣的農產品如何加值？
條例草案第42條，「供示範區加工、修理、檢驗、測試、儲存的貨物」可以輸入原本依《台灣地區與大陸地區人民關係條例》禁止輸入的830項中國農產品。
而輸入的農產品原料如用來生產「管制性產品」要全部外銷，如生產「非管制性產品」可以內銷。例如，進口花生做為加工原料，如果生產花生油 (管制性商品) 要全數外銷，如生產花生醬 (非管制品) 則可內銷。
