為防止禽流感疫情擴大，農委會16日決議，17日起將全面禁運、禁宰家禽，迫使業者通報，也避免病毒持續擴散。該措施預計持續4天，再視情況研議是否延長至7天。
農委會防檢局表示，台灣已有6個H5N6高病原禽流感的確定案例。天氣越來越暖和，禽流感病毒容易死亡，原本判定可以逐漸脫離禽流感威脅，但雲林、嘉義、彰化，以及高雄仍有通報案例，15日已確認為H5禽流感，至於是否為H5N6仍有待檢驗。
對此，農委會聽取學者及專家建議後，決定實施全台家禽禁宰、禁運措施。台東縣動物防疫所所長吳子和也說，該措施除可阻止病毒散播，也能在這4天時間讓潛伏在家禽身上的病毒爆發出來，方便防疫。
不過，禁運4天可能造成消費端因供應不足產生搶購，而當防檢局傳出禁宰禁運時，也引起產業界反彈。
農委會畜牧處目前已統計出現今庫存量的可支撐天數，白肉雞庫存量4萬噸，可撐3天以上，庫存用完時可以靠進口補充；土雞庫存量10萬隻，可以撐2天；肉鴨庫存5000隻，可以撐1天；蛋供應無虞，鵝肉則沒有庫存。畜牧處也指出，當家禽供應不足時，也將鼓勵改吃豬肉。
台大獸醫學院名譽教授賴秀穗強烈建議，應全面禁運、禁宰至少7天。防檢局表示，由於韓國禁運也只禁移動3天，因此我國初步研議先禁運、禁宰4天，再視疫情決議是否延長至7天；並拍板表示，凡禽場主動通報，經確診為H5N6者，撲殺補償提高至8成，其他型禽流感則維持6成，鼓勵業者主動通報。
