國防部積極推動「台灣DARPA」，規劃在明年1月先在國防部資源司下設「國防科技處」，1年之後再提升位階，設立直屬國防部的「國防科技發展室」，但國防部今（24）日上午至立法院專案報告時，「台灣DARPA」卻遭抨擊疊床架屋、權責不清，國防部長馮世寬對此也轉趨保守，稱「台灣DARPA」目前是「實驗編裝」模式進行，如果確實可行才會轉為正式編裝。
民進黨立委羅致政抨擊說，台灣DARPA是國防部重大的組織變更，但居然沒有向國會議員說明，反而由國防部自行開記者會對外宣布。對此馮世寬回應，因媒體詢問，國防部才在記者會中公布此事，並非不尊重國會。國民黨立委馬文君也批評台灣DARPA疊床架屋、權責不清，等於是陳水扁政府規劃成立的「鐽震案」2.0版。
國防部長兼任中科院董座 國防科技處挨批「左手審右手」
不只朝野立委有意見，軍方內部也有雜音。據《自由時報》報導，有軍方官員擔心，國防科技處將引進20餘位民間專家加入，由他們審查中科院機密研發計畫，是否恰當，有無洩密疑慮？是否應先建立嚴格的安全機制？該位官員表示，中科院為行政法人，國防部長也兼任中科院董事長，由國防科技處審查中科院的機密計畫，恐有「左手審查右手」或低位階單位審查高位階單位計畫的問題。
國發會：國機國造、潛艦國造已有機關負責
另外，國防部原本要以「台灣DARPA」來推動國機國造及國艦國造等專案，但國家發展委員會的報告指出，為推動「國機國造」及「潛艦國造」等指標專案，並整合國內產官學研之資源與能量，帶動國防與民間產業同步發展，國防部已於今年6月13日成立「國防產業發展小組」。國發會此舉也等於是打臉國防部推出的「台灣DARPA」。
