位於荷蘭海牙的常設仲裁法院（PCA）12日對歷時3年的南海仲裁案做出裁決，政治大學國際事務學院外交政策研究中心主任黃奎博接受《風傳媒》專訪時分析，雖然法庭裁決中國「九段線」無效，讓我國主張的「十一段線」受影響，但台灣既不是《聯合國海洋公約》的締約國，也不是仲裁的參與方「諸法皆空，自由自在」，結果出來雖然對台灣相對不利，但仍可以不接受。
黃奎博表示，對中國大陸而言，反正「吃了秤砣鐵了心」，依舊堅持過去主張。而且仲裁結果只對當事方有效，對台灣而言更加沒有法律效力，加上《國際法》是弱法，不具強制執行力，基本上南海情勢還是會以國家的武力和政治力為優先。不過，他也指出，中國大陸是《公約》的締約國，若與他國打法律戰會相對弱勢，但也不是不遵守公約就會被踢出南海，按目前整體情勢分析，各國為了不要激化南海衝突，應會選擇維持現狀。
對於仲裁結果，我國要如何在美中台的三角關係上取得平衡？黃奎博認為，政府沒辦法兼顧台美關係、兩岸關係和維護主權。例如前總統馬英九為了維護主權而登太平島，引發美方重話批評。現任總統蔡英文則將面對比馬英九更難解的問題，因為過去仲裁結果尚未宣判，政府還可以打迷糊仗，現在仲裁結果出爐，政府可以解釋的空間更小。
他認為，現在政府依該盡量低調，將聲明、主張立場等說明清楚後，盡量「冷處理」。一旦積極作為會被認為是幫著北京，如果將太平島軍力撤除又會被中國大陸認定是幫美國打壓他們，最好還是一切照舊，該巡的艦艇仍要巡，該駐守兵也不能少。
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— CSIS (@CSIS) 2016年7月12日
中美兩國的軍艦目前仍在南海巡邏，判決結果會不會激化雙方作為，不小心「擦槍走火」？黃奎博認為，反正中國大陸對判決都「不接受、不承認」，海上軍演等等都只是「秀肌肉」，只是因為美國派出兩艘航母，中國大陸輸人不輸陣，肌肉就越秀越多，但觀察兩國互動，中國大陸外交部長王毅和美國國務卿凱瑞（John Kerry）並沒有斷絕溝通，相信兩國並沒有打算開戰，只是點到為止。而且國際間也流傳一種「陰謀論」，認為兩國軍力展現只是「演場大戲」，如此美國可以跟區域的盟友交待，北京當局也可以向內部交待，讓國內反對勢力及民族主義不致升高至對政府不滿的地步。
黃奎博比喻「後仲裁時代」的南海情勢有可能就像「出疹子」，雖然不舒服一下子，但很快會回歸正常，而且菲國現任總統杜特蒂（Rodrigo Duterte）願與中國大陸就南海主權爭議談判，如果他態度沒有轉變，而美國又沒有進一步的動作，或許會淡化仲裁結果，但還是要觀察美、中、菲三方未來的互動程度。
他認為，美國當然會希望「打蛇隨棍上」，壓制中國在南海的擴張，如今菲國總統向中國示好，「美國叫她演的戲才演到一半，菲律賓就演起自己的劇本」，對美國當然是個不利因素，但往好處想，仲裁庭結果已是達成美國的要求，菲律賓要不要繼續配合「加碼演出」已不是重點。
仲裁庭結果讓菲國佔盡上風，可能引發其他與中國大陸有主權糾紛的汶萊、越南和馬來西亞等群起效法？黃奎博說，前提是這些國家必須是「聽美國的話，而且不考慮跟北京的關係。」他指出，菲國由於前總統艾奎諾三世（Benigno Aquino III）被中國踢出「一帶一路」的計畫，北京當局也不與馬尼拉高層互動，加上東南亞經濟正在起飛，中國大陸又是他們最大的金主，南海諸國不太會採用相同方式與中國大陸硬碰。
