外交部長李大維12日晚間指出，荷蘭海牙常設仲裁法院針對南海的判決案是先前預判「最糟的情況」，總統蔡英文13日會採取堅定行動捍衛國家領土及相關海域權利。據了解，總統在13日在康定級艦啟航巡弋南海前，將登艦宣示捍衛國土的決心，但不會隨康定級艦出航。國防部今晚6時30分也緊急設置應變中心。
蔡英文13日8時20分將到左營海軍威海營區視導艦隊指揮部並登艦宣示主權。
判決出爐後，蔡英文在晚間召開高層會議，會後包括外交部、陸委會、內政部等單位都各自召開記者會，表達中華民國政府不接受南海仲裁案的立場。
李大維指出，中華民政府針對太平島被裁決為礁完全不能接受，仲裁案結果對台灣「完全沒有法律拘束力」，「太平島被判斷為礁，這個結果的確是最不願見到狀況」，但事前在評估中有就各種狀況都做了些推估。
李大維也指出，仲裁結果以「中國台灣當局」(Taiwan Authority of China)不當稱呼我國，貶抑我做為主權國家之地位；太平島不在菲律賓請求裁判的標的，仲裁庭卻自行擴權，將我方統治的太平島，連同南沙群島其他島嶼，全數宣布為「岩礁」（rocks），不得擁有專屬經濟海域，嚴重損害我國南海諸島的法律地位及其相關海域權利。
立法院國防外交委員會的民進黨立委羅致政指出，判決結果「出乎很多人意外，也不合理，完全不能接受。」他說，黨團13日也會討論因應作為。
因太平島不在菲律賓提出的訴訟標的內，判決結果大出意外，政府重新擬定回應的聲明，原本準備關於南海政策的說帖及問答集也因此未對外發布。
新台灣國策智庫副執行長林廷輝指出，判決結果菲律賓大獲全勝，令人難以接受。
