18世紀中葉乾隆年間，當時八里是繁榮港口，傳說因為當時有十三家船頭行集市於此，因此被稱為「十三行」。十三行古蹟在1957年由台大考古系教授林朝棨發現後，經過短期挖掘，將這裡的文化稱為「十三行文化」，經過鑑定約為2300年前，屬於平埔族凱達格蘭族。如今漢本遺址雖然受到重視，卻又面臨要搶救的危境，作為台北地區史前文化代表性的十三行遺址，也重現其重要性。
十三行文物挖到遺物很豐富，包括唐末的中國錢幣、來自台東的黃金，以及玉器、石器、金屬品、玻璃製品、骨製品、生態遺留、和最珍貴的十三處墓葬，除了陪葬品外，所見的葬式有側身屈肢葬及直肢葬兩種葬式，並且有相當罕見的無頭葬。
台灣先民 進入鐵器時代的重要證明
最重要的是挖到一座煉鐵坊，代表著台灣先民進入鐵器時代的證物，在東南亞是第一次發現，證明平埔族有很高的文化，也是史前時代在台北地區唯一僅存的代表遺址。豐富的遺留資料，對於華南、台灣、甚至東南亞族群互動關係的瞭解，有相當的重要性。
十三行遺址是一處年代延續至少1000多年的史前聚落遺址，相當於中國的唐、宋時期，甚至更晚。出土的鐵器標誌著台灣的史前文化已由石器時代進入鐵器時代，可以說是台灣史的重要里程碑，卻靜靜地矗立在淡水河口，也甚少有民眾前往參觀。
除非原址全面保留，任何搶救文物的方式，都只是破壞。就如同十三行遺址保留的部份，雖然成立「十三行博物館」，但只佔整個遺址9分之1左右，但為了建設，古蹟的保存被破壞，似乎成了不得不然「必要之惡」。
十三行博物館 不得不做的遺憾
也緣於此，成立十三行博物館背後，被形容是個「幸福又悲哀」的故事。當時為了興建污水處理廠，用飛快的速度搶救遺址，如今的污水處理廠蛋形處理槽底下，才是十三遺址的精華區，政府在污水處理廠旁興建「十三行博物館」，全館建築設計都呈現17度的歪斜，特異設計傾斜不正八角塔，以高聳大片尖銳角度的清水模牆面，建築師藉此呈現出被毀壞的遺跡，以及隱喻考古現場無法重現，無法還原歷史真相的蕭然意境，也讓這座「沉默的博物館」，繼續在淡水河口儲藏著關於台灣歷史的珍貴記憶。
